Jacob Cho's Data Science

  1강 애자일 방법론 개요 1. 애자일 SW 개발 프로세스 2. 애자일 선언문 3. 애자일 SW 개발의 중요성 2강 스크럼 맛보기 1. 스크럼 적용 사례 2. 스크럼 설문조사 결과 3강 스크럼 팀과 제품 백로그 1. 스크럼 역할과 책임 2. 제품 백로그 4강 스프린트 계획과 추적 1. 스프린트 계획 2. 스프린트 추적 5강 스프린트 1. 스프린트의 속성 2. 스프린트의 원칙 6강 스프린트 리뷰와 회고 1. 일일 스크럼 2. 스프린트 리뷰 3. 스프린트 회고 7강 스크럼과 XP의 결합 1. XP의 가치와 실천법 2. 스크럼과 XP의 결합 8강 애자일 프로젝트 실습 1. 제품 백로그 작성 2. 스프린트 백로그 작성 3. 스프린트 일일 업데이트 9강 애자일 SW 개발과 팀 플레이 1. 애자일 SW 개발과 팀 플레이 2. 팀 구성원의 이해를 돕는 MBTI 10강 팀 구성원 이해를 위한 MBTI 활용 1. MBTI 16가지 유형의 특징 2. 성격 유형과 업무 스타일 3. 성격 유형과 학습 스타일 11강 애자일 팀 빌딩을 위한 MBTI 활용 1. 팀 빌딩을 위한 MBTI 활용 2. SW 엔지니어링 분야 MBTI 관련 연구 12강 사례연구(1) - 중소규모 프로젝트 1. 애자일 SW 개발 프로젝트 준비 2. 중소규모 애자일 프로젝트 구현 13강 사례연구(2) - 대규모 프로젝트 1. 분산환경 애자일 SW 개발 준비 2. 대규모 애자일 프로젝트 구현 14강 사례연구(3) - 다양한 프로젝트 1. 국내기업 애자일 적용사례 2. 애자일 SW 개발 101 15강 애자일 SW 개발 수업 회고 1. 애자일 회고 2. 전체 과정 요약 및 회고

  ■ BLAST Algorithm 1. Word search method 2. Identification of exact word - Find locations of matching words in database sequences 3. Maximum segment pair alignment: Extend hits one base at a time - Scoring of alignment

  ■ FASTA Algorithm and Format

  ■ AutoML-Zero - 스스로 인공지능 머신러닝 모델을 자동으로 생성할 수 있는 구글의 AutoML 서비스 및 알고리즘 ■ AutoML-Zero:Evolving Machine Learning Algorithms From Scratch - 구글의 새로운 AutoML 논문. 사람의 개입을 최소화하는 AutoML을 구현하고자, 65개의 수학연산을 조합해 최적의 딥러닝 모델을 Evolutionary method로 찾는 방법을 제안 ( Sunghoon Joo ) 출처:  https://mangastorytelling.tistory.com/entry/Sunghoon-Joo-구글-AutoML-논문-AutoMLZeroEvolving-Machine-Learning-Algorithms-From-Scratch-설명  [망가천재의 스토리텔링]

  ■ Streamlit 을 사용하여 블로그 만들기 - Main Features Home: simple preview or list of all posts View Posts: where we will display  full articles to read Add Post: where we create our post Search: where we can search articles by title or author fields Manage Blog: where we will delete and check for our analytics - Back-end DB Management normal SQL and sqlite3 ■  Written Tutorial and Code: https://blog.jcharistech.com/2020/05/...

  ■ Pairwise Alignment - Global - Local ■ Introduce FASTA and BLAST

  ■ Sequence alignments - Mechanism of Sequence Alignment - Global - Local - Multiple (MSA)

  - Data Types and Databases for Bioinformatics

 

  ■ Streamlit 을 사용하여 BioInformatics App 만들기 - BioPython - NeatBio - Streamlit ■ The Structure of App - DNA Sequence: from a FASTA file - DotPlot: compare 2 different sequences and generate a dotplot ■ Features of App - DNA Composition (GC Content, AT Content) - Transcription - Translation - Plot our nucleotide frequency - Amino acid frequency

  ■ Covid19 (코로나19)의 구조를 3D로 보기 3D Structure of Covid File Format pdb :PDBParser() legacy cif :MMCIFParser() recent links https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/pdb/6LU7 Protein Data Bank Pkgs pip install nglview pip install py3Dmol pip install pytraj jupyter-nbextension enable nglview --py --sys-prefix nglview enable jupyter-labextension install @jupyter-widget/jupyterlab-manager jupyter-labextension install nglview-js-widgets Visualizing the 3D structure using nglview py3Dmol using pytraj squiggle

  Comparing Disease Outbreaks [Covid19,SARS,EBOLA] with Python SARS (Sever Acute Respiratory Syndrome) Ebola Covid19 (Novel Coronavirus 19) Data Sources & Credits https://github.com/CSSEGISandData/COVID-19/tree/master/csse_covid_19_data https://github.com/imdevskp https://github.com/reconhub/outbreaks Questions Which countries were affected? How many cases (confirmed/recovered/death) in all? Top countries affected How is the trend for each disease? Day with the max num of case How long did each pandemic last etc *** code:  https://github.com/Jcharis/DataScienc...

  *** 빅데이터가 몰고 온 생물학(Biology)의 변화와 기회 *** 파이썬을 사용하여 Human Genome을 이해하는 방법    - #SplitThreader : Explore rearrangements and copy-number amplifications in a cancer genome

*** BioPython을 이용한 Covid19의 단백질 서열 분석 *** Installation pip install biopython *** Applications of BioPython -  For sequence analysis (DNA,RNA) -  To do transcription and translation of DNA (Protein Synthesis) -  Querying and Access BioInformatic Databases Entrez, BLAST,GenBank,etc -  3D Structure analysis ***  Task -  Analysis of Covid19 genome ***  Written Tutorial: https://blog.jcharistech.com/2020/04/... ***  Code: https://github.com/Jcharis/DataScienc...